Program Studi Doktoral adalah program yang diselenggarakan oleh Universitas Muhammadiyah Makassar. Program ini merupakan program tinggi yang terfokus pada penelitian dan pembelajaran yang mendalam tentang bidang tertentu, seperti ilmu pengetahuan, sains, teknologi, seni, atau keperawatan. Program S3 biasanya membutuhkan waktu enam hingga delapan tahun untuk diselesaikan, tergantung pada negara dan institusi pendidikan tempat seseorang belajar. Setelah lulus dari program S3, seseorang akan menerima gelar akademik doktor. Gelar ini dianggap sebagai tingkat tertinggi dalam sistem pendidikan formal dan biasanya dianggap sebagai persyaratan minimum untuk bekerja di posisi yang membutuhkan pengetahuan dan keterampilan yang sangat tinggi.

Program Doktor adalah program pendidikan strata 3 (S3) yang ditujukan untuk memperoleh gelar akademik doktor sebagai gelar akademik tertinggi, diperuntukakan bagi yang sudah berstatus Magister ( S2 )

Program Doktor yang ditawarkan oleh Universitas Muhammadiyah terdiri dari:

• S-3 Pendidikan
• S-3 Pendidikan Agama Islam